喀斯特地区是类似沙漠边缘的生态环境脆弱区，是世界上最主要的生态脆弱带之一。我国是世界上喀斯特面积最大、分布最广的国家，主要集中在西南地区，其基岩裸露总面积达54万km²，面临环境退化和贫困的双重压力。该地区可溶岩造壤能力低，长期强烈的岩溶化作用产生地表、地下双层空间结构，导致水源漏失、深埋，形成水土资源不配套的基本格局，旱涝灾害频繁，石漠化严重。从上个世纪九十年代开始，为实现大石山区生态重建和脱贫致富的双重目标，中国科学院亚热带农业生态研究所和广西区科技厅、扶贫办等单位合作，通过扶贫开发和异地安置，建立了环江喀斯特生态移民示范区（古周和肯福），并创建了“科技单位+公司+示范基地+农户”的企业化科技扶贫创新机制。

        围绕西南喀斯特地区生态恢复与重建过程中面临的重大科学问题，中国科学院亚热带农业生态研究所于2000年开始正式筹建环江喀斯特农业生态站。2000年4月5日，中国科学院陈宜瑜副院长视察环江喀斯特生态移民示范区，提出了建立喀斯特生态站的要求，中国科学院亚热带农业生态研究所随即启动了环江喀斯特站的筹建工作；2005年7月13-14日，白春礼常务副院长视察环江喀斯特站，提出“尽快建设成为中国生态系统研究网络（CERN）台站和国家野外科学观测研究站”的要求；2005年12月14日，环江喀斯特站通过评审，进入国家野外科学观测研究站建设期；2006年12月6日，李家洋副院长视察环江喀斯特站，并为中国科学院环江喀斯生态系统观测研究站揭牌；2007年5月28日，环江喀斯特站通过了中国科学院资源与环境科学技术局组织的进入CERN的现场考核；2007年11月28-29日，环江喀斯特站通过了国家野外科学观测研究站专家组的现场检查；2007年12月5日，广西区首个水土保持科技示范园区在环江喀斯特站挂牌。2008年1月，环江站被列为中国生态系统研究网络的成员站，进而也成为了国际长期生态系统研究网络(ILTER:International Long-Term Ecological Research)的成员单位。2013、2017、2021、2022年经广西科技厅批准分别建设广西石漠化治理工程技术研究中心、广西重大科技创新基地、广西喀斯特生态过程生态过程与服务重点实验室和河池环江农田生态系统广西野外科学观测研究站；2018年，获批建设喀斯特关键带结构-过程-功能综合观测研究平台；2023年，入选首批全国生态质量综合监测站，组建广西环江喀斯特生态质量综合监测站。目前，环江喀斯特站已成为我国西南喀斯特地区重要的农业生态系统长期野外定位观测研究站，具有监测、研究与试验示范的良好条件；采取“一站四点”的网络式布局，由核心试验园区、辐射试验示范园区（古周和下塘）和顶级群落试验区（木论国家级自然保护区）组成。